Geneza powstania Wyspy Sobieszewskiej nieodłącznie związana jest z Wisłą, a głównie z procesami zachodzącymi w jej delcie. Dynamiczna działalność samej rzeki, z drugiej strony zmiany brzegowe spowodowane pracą morza, doprowadziły do utworzenia się pasa mierzei. W tym pasie znalazł się obszar dzisiejszej Wyspy, jeszcze przed ukształtowaniem.